Es la autoridad máxima del Programa. Son miembros plenos del CD:

· Un representante del IICA quien lo preside.
· Un representante de la Embajada Real de los Países Bajos.
· Un representante del sector agrario.
· Dos representantes de las instituciones participantes.

El Consejo Directivo refrenda la designación del director ejecutivo y de los profesionales integrantes de la Unidad Técnica. El director ejecutivo actúa como secretario del CD.

Aprueba los planes operativos y presupuestos del Programa. Refrenda las propuestas de trabajo interinstitucional y los acuerdos de trabajo que el director ejecutivo prepara para que el IICA suscriba con las instituciones participantes.